میکروسکوپ های الکترونی عبوری نسبت به میکروسکوپ‌های دیگر دارای مزایای متعددی هستند که از جمله می‌توان به موارد زیر اشاره نمود:
- توان تفکیک (Resolution) و بزرگنمایی بسیار بالا به دلیل طول موج کوچک پرتوی الکترونی نسبت به پرتوی نوری
- قابلیت آنالیز بلورشناسی اجزاء بسیار ریز مواد و مطالعه‌ی عیوب بلوری
- امکان آنالیز شیمیایی اجزاء نمونه توسط اشعه‌ی ایکس ساطع شده از نمونه
قیمت به ازای هرنمونه، لحاظ شده است.
