میکروسکوپ های الکترونی عبوری نسبت به میکروسکوپ‌های دیگر دارای مزایای متعددی هستند که از جمله می‌توان به موارد زیر اشاره نمود:

  • توان تفکیک (Resolution) و بزرگنمایی بسیار بالا به دلیل طول موج کوچک پرتوی الکترونی نسبت به پرتوی نوری
  • قابلیت آنالیز بلورشناسی اجزاء بسیار ریز مواد و مطالعه‌ی عیوب بلوری
  • امکان آنالیز شیمیایی اجزاء‌ نمونه توسط اشعه‌ی ایکس ساطع شده از نمونه

قیمت به ازای هرنمونه، لحاظ شده است.